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トリプトファン(Trp)檻(かご)ディヘドラル

トリプトファン(Trp)檻(かご)ディヘドラル

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Biology,Chemistry Classification

Data Structure ? 401.17M

    Data Structure ?

    *The above analysis is the result extracted and analyzed by the system, and the specific actual data shall prevail.

    README.md

    内容 このデータセットには、分子動力学シミュレーションから得られた150万個のトリプケージ(trp - cage)タンパク質のコンフォメーションが含まれています。これらのコンフォメーションは、このタンパク質の全38個の主鎖二面角を含む二面角空間で記述されています。このデータは温度レプリカ交換シミュレーションスキームから取得されました。したがって、異なる温度でサンプリングされた異なるコンフォメーションがデータセットに与えられています。分析目的で、データセットにはまた、各コンフォメーションのネイティブな折りたたみ構造および完全なアルファヘリックス構造に対するC - アルファ二乗平均平方根偏差(rmsd)も含まれています。 このデータを公開された研究で使用する場合は、以下を引用してください。 レムケ(Lemke), トビアス(Tobias)、およびクリスティン・ピーター(Christine Peter)。「エンコーダマップ:分子コンフォメーションの次元削減と生成」。化学理論と計算雑誌(2019)。 https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.8b00975
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